Аз нимаи дуюми солҳои 30-юм фаъолияти сиёсии олим оғоз мегардад ва дар ин давра ӯ дар вазифаҳои гуногуни ҳизбиву давлатӣ кор карда, то мақоми роҳбари аввали ҷумҳурӣ, яъне котиби якуми Кумитаи марказии ҳизби ҳокими вақт интихоб мешавад.
Бояд гуфт, ки Бобоҷон Ғафуров нахустин тоҷике буд, ки пас аз ташкилёбии Ҷумҳурии Шӯравии Сотсиалистии Тоҷикистон ба чунин мақоми баланди сиёсӣ интихоб ва таъин гардидааст.
Бо вуҷуди корҳои ҳизбиву давлатӣ Бобоҷон Ғафуров таҳқиқи таърихи халқи тоҷикро содиқона идома медод.
Соли 1942 мақолаи ниҳоят муҳимми Бобоҷон Ғафуров «Муборизаи халқи тоҷик бар зидди истилогарони аҷнабӣ» ва баъдан соли 1944 дар заминаи он китоби «Халқи тоҷик дар мубориза барои озодӣ ва истиқлолияти ватани худ» нашр мешаванд, ки дар роҳи баланд бардоштани ҳисси ватанпарастии мардум ва муҳаббат ба сарзамини аҷдодӣ нақши муассир мегузоранд.
Ӯ дар солҳои баъдиҷангӣ бо маҳорати баланди кордонӣ ва масъулиятшиносӣ дар танзиму такмили иқтисодиёти ҷумҳурӣ талош варзида, саъю кӯшиши худро ба он равона намуд, ки Тоҷикистон ба ҷумҳурии пешрафта табдил ёбад.
Соли 1947 Тоҷикистон аз рӯйи ҳосилнокии пахта дар миқёси Шӯравӣ ба ҷойи аввал ва аз рӯйи ҳаҷми истеҳсоли он ба ҷойи дуюм баромад.
Барои натиҷаҳои беҳтарини дар солҳои 1946 – 1947 бадастоварда 184 нафар пешқадамони истеҳсолоти ҷумҳурӣ, аз ҷумла 41 нафар занон ба гирифтани унвони Қаҳрамони меҳнат ва 4216 нафар бо ордену медалҳо сарфароз гардонида шуданд.
Саҳми Бобоҷон Ғафуров дар бунёди даҳҳо корхонаи азими саноатӣ, рушди соҳаи аграрӣ, бахусус, дар самти муҳоҷирсозии мардуми кӯҳистон барои азхудкунии заминҳои бекорхобида ва пешрафти илму фарҳанги Тоҷикистон басо арзишманд мебошад.
Бунёди муассисаҳои нави илмиву таълимӣ, таъмин намудани онҳо бо мутахассисони таҷрибадор ва аз дигар ҷумҳуриҳо ба Тоҷикистон даъват кардани беҳтарин олимони соҳаҳои гуногуни илм аз ҷумлаи ташаббусҳои Бобоҷон Ғафуров мебошад.
Зери роҳбарии бевоситаи Бобоҷон Ғафуров дар шаҳри Душанбе соли 1948 Донишгоҳи давлатӣ, соли 1951 Академияи илмҳо ва соли 1955 Донишкадаи политехникӣ ба фаъолият оғоз намуданд.
Бобоҷон Ғафуров бо олимону адибон дар иртиботи доимӣ қарор дошт ва инкишофи илми Тоҷикистонро пайваста дастгирӣ, назорат ва роҳнамоӣ мекард.
Аз суханронии Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон Эмомалӣ Раҳмон зимни суханронӣ дар Симпозиуми байналмилалии «Бобоҷон Ғафуров – бузургтарин муҳаққиқ ва муаррифгари таърихи халқи точик», ба ифтихори 115-солагии академик Бобоҷон Ғафуров, шаҳри Душанбе, 5.12.2023
